1. Hauptsächlich wird das ganze für Punkt 1.2 benötigt, um den Entwicklermodus zu aktivieren. Der wird für die Toolbox benötigt.
Man könnte das ganze auch ohne Toolbox und Entwicklermodus machen, allerdings ist das sehr umständlich und weicht stark von der Anleitung ab. Wurde aufgrund dessen auch nicht in die Anleitung aufgenommen oder dafür in Betracht gezogen. Bzgl. Byte 17 und 18, das sollte im besten Fall dennoch gemacht werden. Im schlimmsten Fall kann es nach dem Update zu einem Bootstop kommen, sollten Werte eingestellt sein, welche in der neuen Firmwareversion nicht mehr vorhanden sind. Das würde sich aber nachträglich mit VCDS oder Ähnlichem beheben.
2. Weil bei dem ersten Update kein Emergency mit aktualisiert wird und Emergency nachträglich durch ein zweites Update installiert werden muss. Die Metainfo ist bearbeitet, daher akzeptiert die unit diese nicht. Dafür muss dann erneut gepatcht werden. Mit jeder Installation eines neuem Updates werden Patches gelöscht und überschrieben.
3. Sollten keine (störenden) Änderungen nach dem Ändern auf 0 auffallen, kann alles so gelassen werden wie es ist. Sollten Änderungen Auffallen und stören, kann man versuchen die ursprüngliche Codierung wieder einzugeben. Im schlimmsten Fall befindest du dich in einem Bootstop, sollten die alten Werte nicht mehr in der neuen Firmware vorhanden sein. Das lässt sich beheben indem man wieder auf 0 im Bootstop codiert.
Bzgl. dem Kabel, welches du da gefunden hast, schick am Besten mal einen Link. Da gibt es gefühlt Tausende verschiedene Varianten und nur weil sich einige gleich schimpfen, können sie von Grund auf verschieden sein.
Warum VW dazu keine eigene Lösung parat hat, weiß ich nicht. Darüber kann man nur mutmaßen. Ein Armutszeugnis ist es jedenfalls, ohne Frage.