Also technisch ist es so, dass bei der Installation bei der GEM-Update-Variante bei der ersten Installation auch die Datei vom GEM ausgetauscht wird und somit praktisch geupdatet wird.
Danach ist es die selbe Toolbox. Es verhält sich nur anders bei der ersten Installation.
Wenn du altes GEM hast, dann musste also den Ordner ersetzen und dann Toolbox installieren.
Da du die ja nun schon drauf hast, kannste über Custom SWDL noch mal drüber installieren, musst halt alles auf Y stellen, damit er es noch mal neu macht. Dann kannst du es so auch "nachziehen".
Wenn du dann auf 04xx geupdatet haben solltest, dann kommt die Firmware direkt mit dem neuen GEM und die "normale" Toolboxinstallation ist ausreichend. Ja, die Toolbox ist weg nach einem Firmwareupdate /-upgrade und muss neu installiert werden.
Falls du dennoch das GEM ersetzt, führt es aber auch zu keinen Problemen... es wäre nur nicht nötig ;-)
Zwischenschritt bin ich mir auch gerade unsicher.. da du aber eigentlich eh komplett alles ersetzt, würde ich fast mutmaßen, dass du direkt hoch springen kannst. Nagel mich aber nicht drauf fest.
Sei dir aber der Risiken bewusst! Wenn du eine nicht gut gemachte metainfo hast mit falschen Loggintabs, die nicht zu deiner persönlichen Hardware passen, dann wars das mit dem Radio.