Bei mir lagen die Probleme beim reboot an der Kombination aus RasPi und sdkarte. Habe eine 32gb (recht schnell) genaue Daten leider nicht in Kopf.
Zuerst habe ich raspbian installiert und er hat gar nicht gebottet. Dann noch mal Format und neu installiert. Hat gebootet und war konfigurierbar. Dann nach Update Neustart und er konnte wieder nicht booten. Dann raspian noch mal installiert und seit dem, läuft der ohne Probleme.
Vielleicht hilft dir das ja weiter.
Edit:
Als Ergänzung sei angemerkt, dass laut raspian Homepage oder RasPi Homepage darauf hingewiesen wird, eine SanDisk Karte zu nehmen. Auf Grund des höheren Preises habe ich mich bewusst dagegen entschieden. Kann also auch daher kommen.