Update:
Ich hab' mal eben das "Didem _ATR_restorer.xvb" aus dem Toolkit angepasst, so dass es die passenden Trap-Codes für Opos (99) bzw. Titanium (AF) schickt - in der Loop spucken die Karten ab und an nochmal nen gültigen ATR aus - allerdings nicht konsistent.
Ja - ich will mit den Dingern auch nix aufmachen, sondern eher die Innereien der AT90SC Chips genauer unter die Lupe nehmen.
Soo - hab beide wiederbelebt bekommen. Anscheinend war jeweils nur die App unvollständig geschrieben worden, so dass der unvöllständige App-Code zwar keinen ATR ausgegeben hat, die Karten per Trap-Code jedoch noch ins OS gekommen sind. Mit der Software vom Infinity USB Unlimited konnte man über den "Erase" / "Löschen" Button die unvollständige App entfernen, so dass sich die Karten jetzt wieder mit dem OS ATR melden.
Fazit: die Infinity USB Unlimited Software selbst scheint die Timings richtig hinzubekommen (vermutlich, weil sie den eingebauten Mikrocontroller die eigentliche Arbeit machen lässt), im VCP-Mode mit 3rd Party Tools wie WinExplorer sollte man ihn aber eher nicht mit AT90SC Karten benutzen (zumindest nicht zum Schreiben von OS / Applications).