Blue Gene ist ein Projekt zum Entwurf und Bau einer High-End-Computertechnik. Diese soll laut IBM sowohl zur Erforschung der Grenzen des Supercomputing in der Computerarchitektur, zur Entwicklung der für die Programmierung und Kontrolle massiv paralleler Systeme nötigen Software und zur Nutzung von Rechenkraft für ein besseres Verständnis biologischer Prozesse wie etwa der Proteinfaltung dienen. Letzteres war auch für die Namensgebung verantwortlich.
Im Dezember 1999 kündigte IBM ein auf fünf Jahre angelegtes Programm an, einen massiv parallelen Computer zu bauen, der bei der Erforschung biomolekularer Phänomene wie der Proteinfaltung helfen soll. Zielvorgabe war dabei, Geschwindigkeiten im Peta-FLOPS-Bereich zu erreichen.
Es handelt sich um ein kooperatives Projekt zwischen dem Energieministerium der Vereinigten Staaten (welches das Projekt teilweise auch finanziert), der Industrie (insbesondere IBM), und den Hochschulen. In der Entwicklung befinden sich fünf Blue Gene-Projekte, darunter Blue Gene/L, Blue Gene/P und Blue Gene/Q (siehe Advanced Simulation and Computing Program).
Als erste Architektur war Blue Gene/L vorgesehen. Die Vorgaben lagen bei einem System mit einer Spitzenleistung von 360 TFLOPS auf 65.536 Nodes und Fertigstellung 2004/2005. Die darauffolgenden Maschinen sollen bis zu 1000 TFLOPS (Blue Gene/P, 2006/2007) beziehungsweise 3000 TFLOPS (Blue Gene/Q, 2007/2008) erreichen. Die Dauerleistung dieser Nachfolgesysteme von Blue Gene/L soll bei 300 TFLOPS beziehungsweise 1000 TFLOPS liegen.
Zu den Chef-Architekten des Projekts bei IBM zählten Monty Denneau und Alan Gara.