Ich habe nun zweimal versucht, das Problem nachzustellen.
Sowohl auf einer Windows 7 Ultimate (x86) ohne, als auch einmal mit SP1, ließ sich IE11 (manueller Download und Installation) problemlos installieren.
Ich vermute daher eher, dass Dein Windows-Installation das Update verhindert, vor allem vor dem Hintergrund dieser Feststellung:
zum Teil nicht kompatibel
Möglicherweise kommst Du also weiter, wenn das SP1 korrekt installiert ist, wie
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beschrieben.
Unten auf der Seite ist auch ein Vorbereitungstool für Systemupdates verlinkt.
Damit sowie der manuellen Installation von SP1 sollte dann auch das Update auf IE11 klappen.
Falls nicht und es ist vom Aufwand her vertretbar, installieren Windows lieber neu.
Gruß
Fisher