Bei einem MIB habe ich die DB noch nie formatiert, somit würde ich das nur im absoluten Notfall machen.
Die Karten werden aber im Normalfall als normales Update übers Menü und nicht im Red Menue installiert. Im Zweifel würde ich erst mal TR dann im roten Menü ausklammern und schauen ob die Navigation danach läuft.
Wenn hier keiner was anders als DB löschen vorschlägt, dann würde ich mal bei MotorTalk nachfragen, da sind ein paar Spezialisten, die das wohl auf "sanfter" lösen können.