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Windows CE ist eine Betriebssystemlinie von Microsoft und für eingebettete Systeme, Thin Clients und Handhelds vorgesehen. Das Betriebssystem basiert auf keiner anderen Windows-Version und ist keine „verkleinerte Version“.
Die grafische Benutzeroberfläche kann, je nach Zusammenstellung des Herstellers, einer von Windows NT gleichen oder an kleine Bildschirme sowie den Einsatzzweck angepasst sein. Eine Win32-API ist auf beiden Plattformen vorhanden, so dass es theoretisch möglich wäre, Quelltext für beide zugleich zu entwickeln. In der Realität funktioniert dies aber meist nicht so einfach, da es tiefgreifende Unterschiede gibt, die die Portierung von x86-Windows-Software sehr aufwändig machen können.
Nk.exe ist der Kernel von Windows CE, der völlig unabhängig von Windows NT von Grund auf neu entwickelt wurde. Windows CE basiert nicht auf einer der anderen Windows-Varianten (9x- oder NT-basiert) und ist keine „verkleinerte Version“ davon. Zwischenzeitlich unterstützte das Betriebssystem rund ein Dutzend Prozessorarchitekturen.
Im Unterschied zu DOS- oder NT-basierten Windows-Systemen wurde Windows CE in Hinblick auf Echtzeitfähigkeit entwickelt. Die Echtzeiteigenschaften hängen jedoch von einer Vielzahl von Faktoren ab, die dazu führen, dass die Echtzeitfähigkeit in der Praxis nicht zweifelsfrei vorhanden ist. Zu diesen Faktoren gehören die Eigenschaften der Zielarchitektur, Unterstützung durch Hardware und Treiber sowie vor allem die Schwierigkeit der Verifizierbarkeit von Echtzeitfähigkeit. Echtzeitfähigkeit ist nur für eine sehr stark begrenzte Zahl von Plattformen unter bestimmten Voraussetzungen teilweise anhand heuristischer Methoden überprüft worden, so dass es nicht möglich ist, von allgemeiner Echtzeitfähigkeit im Zusammenhang mit Windows CE zu sprechen.
Die Buchstaben „CE“ sind keine Abkürzung, sondern Andeutung einer Vielzahl von Konstruktionsgrundsätzen wie Kompaktheit, Kompatibilität (englisch compatibility) und Effizienz (englisch efficiency). Mit Version 6.0 erweiterte Microsoft den Namen zu Windows Embedded CE und mit Version 7 wurde das System zu Windows Embedded Compact umbenannt, damit es sich einheitlich in die Produktlinie Windows Embedded der Betriebssysteme von Microsoft für eingebettete Systeme einfügt.Eine weitere CE Umbenennung wurde ab 2002 als Microsoft Windows Mobile vermarktet. 2010 wurde eine CE-Variante mit spezieller Benutzer-Oberfläche Windows Phone 7 genannt. Auch Windows Automotive ist ein weiterer von der Marketingabteilung erdachter Name für Windows CE.