Ein Hauptproblem der Flash-Speicher ist die Fehleranfälligkeit. Sektoren werden vor allem durch Löschzugriffe beschädigt und werden mit der Zeit unbeschreibbar und sind somit defekt. Unabhängig davon können permanente Bitfehler auftreten. All diese Fehler können durch geeignete Fehlerkorrekturmaßnahmen versteckt werden, dies ist jedoch aufwendig und erhöht die Komplexität der Flash-Controller. Dennoch lässt es sich nicht verhindern, dass ein Flash-Speicher mit der Zeit kleiner wird, da die Anzahl der benutzbaren Sektoren abnimmt. Im Vergleich mit der Lebensdauer einer Festplatte scheint dieser Effekt nach aktuellen Untersuchungen jedoch vernachlässigbar