Ok, da ich erst mal nicht mehr vor Ort bin (Dreambox nutzt mein Vater), lass ich das erst mal mit dem Flashen. Da ich die Dreambox auch noch als Wireguard-Server für das dortige Heimnetz verwende, würde ich jetzt ungern das ganze System anfassen.
Unabhängig davon bin ich einen Schritt weitergekommen. Es scheint tatsächlich so, dass das wieder mal ein PEBKAC-Bug war. Ich hatte ein lokales DEB-Paket installiert, was selbst noch Pakete von Github gezogen und nachinstalliert hat. Als ich das Paket wieder runtergeschmissen hab, waren auch die Fehler verschwunden. D.h. apt update lief wieder ohne Probleme durch.