Wenn du den Win32DiskImager benutzen möchtest, würde ich dir empfehlen, vor der sicherung den Speicherbereich der SD-Karte per "linux gparted" zu verkleinern, dann kann man beim DiskImager das sichern des Images schon vorher abbrechen und hat beim zurückschreiben nicht das Problem, das der DiskImager sich weigert das Image auf die neue SD-Karte zu schreiben, weil die vieleicht ca.0,1 % kleiner ist.
Einfacher ist es vieleicht, die SD-Karte nur zum Booten zu benutzen und die Anwendung auf einen USB-Stick auszulagern, der geht nicht ganz zu schnell kaput.