Erstere sind externe Speicher (USB Stick, Festplatte), Letzterer der interne Speicher. Die Quad hat genug internen Speicher, um die Picons dort abzulagern. Nachteil: wie Du bereits bemerkt hast, sind die dann bei einem Neuflash weg, weil der interne Speicher überschrieben wird.
Nachteil Festplatte: die geht nie in den Ruhezustand, weil permanent auf die dort liegenden Picons zugegriffen wird. Aber dafür sind die Picons bei einem Neuflash nicht weg.