...Die rc.local ist auch nicht wirklich der Autostart....
Dazu sind immernoch die runlevel Datein in /etc/rc*.d zuständig (ls /etc/rc?.d/*apache*)
Aber bevor du da manuell herrumlöschst probiers erstmal über die herrkömmliche Art und Weise: update-rc.d -f apache2 remove
Ansonsten könntest du den apache auch deinstalliern: apt-get remove apache2
(configs bleiben dabei erhalten)